轮台县历史悠久，古轮台国（《史记》作仑头）地处西域中部，为丝绸之路北道要冲，是古丝绸之路的中心， 汉代是西域36国中的城邦之一。轮台国于汉太初三年（前102年）被李广利所灭，汉宣帝本始二年（前72年）复国为乌垒国。西汉神爵二年（前60年），境内设西域都护府，历时72载，统领西域诸国。唐时属龟兹都督府乌垒州，清光绪二十八年（1902年）改置轮台县，民国时期先后隶属阿克苏道和焉耆专区。新中国建立以后，1960年隶属新疆巴音郭楞蒙古自治州。